Studi Genetika Mengidentifikasi Tiga Varian Virus Corona SARS-CoV-2
Dalam analisis jaringan filogenetik dari 160 genom lengkap pertama SARS-CoV-2 yang akan diurutkan dari pasien manusia, tim ilmuwan internasional menemukan tiga varian berbeda dari SARS-CoV-2: A, B dan C: A dan C jenis ditemukan dalam proporsi yang signifikan di luar Asia Timur, yaitu di Eropa dan Amerika; sebaliknya, tipe B adalah tipe yang paling umum di Asia Timur, dan genom leluhurnya tampaknya tidak menyebar di luar Asia Timur tanpa terlebih dahulu bermutasi menjadi tipe B turunan, menunjuk pada efek pendiri atau ketahanan imunologis atau lingkungan terhadap tipe ini di luar Asia. |
| Mikrograf elektron berwarna yang dipindai dari sel apoptosis (cokelat kehijauan) sangat terinfeksi dengan partikel virus SARS-COV-2 (merah muda), diisolasi dari sampel pasien. Kredit gambar: NIAID. |
The Jambi Times, INGGRIS | "Ada terlalu banyak mutasi cepat untuk melacak pohon keluarga SARS-CoV-2 dengan rapi," kata Dr. Peter Forster, ahli genetika di University of Cambridge.
"Kami menggunakan algoritma jaringan matematika untuk memvisualisasikan semua pohon yang masuk akal secara bersamaan." “Teknik-teknik ini sebagian besar dikenal untuk memetakan pergerakan populasi manusia prasejarah melalui DNA.
Kami pikir ini adalah pertama kalinya mereka digunakan untuk melacak rute infeksi virus corona seperti SARS-CoV-2.
”Forster dan rekannya menggunakan data dari genom virus SARS-CoV-2 yang diambil sampelnya dari seluruh dunia antara 24 Desember 2019 dan 4 Maret 2020.
Mereka mengungkapkan tiga varian berbeda dari virus, yang terdiri dari kelompok garis keturunan yang terkait erat.
Mereka menemukan bahwa tipe terdekat SARS-CoV-2 dengan yang ditemukan pada kelelawar tipe A, genom virus manusia asli ada di Wuhan, tetapi yang mengejutkan bukanlah jenis virus utama di kota itu.
Versi mutasi A terlihat di Amerika yang dilaporkan telah tinggal di Wuhan, dan sejumlah besar virus tipe A ditemukan pada pasien dari AS dan Australia. Jenis virus utama Wuhan, B, lazim pada pasien dari seluruh Asia Timur. Namun, varian tersebut tidak banyak bepergian keluar wilayah tanpa mutasi lebih lanjut menyiratkan di Wuhan, atau perlawanan terhadap jenis ini diluar Asia Timur.
Varian C adalah tipe Eropa utama, ditemukan pada pasien awal dari Perancis, Italia, Swedia dan Inggris. Itu tidak ada dalam sampel daratan China studi ini, tetapi terlihat di Singapura, Hong Kong, dan Korea Selatan.
 |
| Jaringan filogenetik dari 160 genom SARS-CoV-2. Node A adalah kluster root yang diperoleh dengan kelelawar (Rhinolophus affinis) isolat coronavirus BatCoVRaTG13 dari Provinsi Yunnan, Cina. Area lingkaran proporsional dengan jumlah spesies, dan setiap takik pada tautan mewakili posisi nukleotida bermutasi. Kredit gambar: Forster et al, doi: 10.1073 / pnas.2004999117. |
Yang penting, teknik jaringan genetik tim secara akurat melacak rute infeksi yang sudah ada, mutasi dan garis keturunan virus bergabung dengan titik-titik diantara kasus-kasus yang diketahui.
Dengan demikian, para ilmuwan berpendapat bahwa metode filogenetik ini dapat diterapkan pada sekuensing genom virus corona terbaru untuk membantu memprediksi hot spot global masa depan dari penularan dan penyebaran penyakit.
“Analisis jaringan filogenetik memiliki potensi untuk membantu mengidentifikasi sumber infeksi COVID-19 yang tidak terdokumentasi, yang kemudian dapat dikarantina untuk mengandung penyebaran penyakit lebih lanjut di seluruh dunia,” kata Dr. Forster.
Varian A, yang paling dekat hubungannya dengan virus yang ditemukan pada kelelawar dan trenggiling, digambarkan sebagai akar wabah oleh para peneliti. B diturunkan dari A, dipisahkan oleh dua mutasi, kemudian C pada gilirannya adalah anak perempuan dari B.
“Lokalisasi varian B ke Asia Timur dapat dihasilkan dari efek pendiri, hambatan genetik yang terjadi ketika, dalam kasus virus, tipe baru terbentuk dari kelompok kecil infeksi yang terisolasi,” kata para penulis.
Mereka berpendapat bahwa ada penjelasan lain yang patut dipertimbangkan. “Virus tipe B Wuhan dapat secara imunologis atau lingkungan diadaptasi untuk sebagian besar populasi Asia Timur,” kata Dr. Forster.
“Mungkin perlu bermutasi untuk mengatasi perlawanan di luar Asia Timur. Kami tampaknya melihat tingkat mutasi yang lebih lambat di Asia Timur daripada di tempat lain, pada fase awal ini. ”
Seperti yang dilansir sci-news. “Jaringan viral yang kami perinci adalah potret dari tahap awal epidemi, sebelum jalur evolusi COVID-19 menjadi tertutup oleh banyak mutasi. Ini seperti menangkap supernova yang baru jadi dalam aksi. " Studi ini diterbitkan dalam Prosiding National Academy of Sciences.
Peter Forster et al. Analisis jaringan filogenetik genom SARS-CoV-2.
