Para Ilmuwan Mengusulkan Pendekatan Baru untuk Menganalisis Urutan Genetik dari Coronavirus SARS-CoV-2

The Jambi Times Thursday, April 23, 2020 0

Para peneliti di Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO) telah mengembangkan platform visualisasi baru, yang didukung oleh algoritma bioinformatika yang awalnya digunakan untuk menganalisis genom manusia, untuk menunjukkan perbedaan di antara ribuan sekuens genetik SARS-CoV-2, sebuah coronavirus novel yang menyebabkan penyakit COVID-19.

Struktur dari coronavirus. Kredit gambar: Scientificanimations.com / CC BY-SA 4.0.

The Jambi Times, AUSTRALIA | "Semakin kita tahu tentang virus ini, semakin baik senjata kita untuk melawannya," kata Dr. Larry Marshall, Kepala Eksekutif CSIRO. “Analisis urutan genom virus SARS-CoV-2 yang sangat kompleks ini telah membantu menentukan jenis virus mana yang cocok untuk menguji vaksin yang sedang berlangsung di Pusat Kesiapan Penyakit Australia di Geelong, satu-satunya fasilitas biocontainment yang tinggi dari virus tersebut. baik di belahan bumi selatan. "

"Ketika virus berevolusi, genom menjadi semakin penting, secara efektif karena ia memegang instruksi tentang perilaku virus dan jenis penyakit apa yang dapat ditimbulkannya," kata Dr. Denis Bauer, pemimpin tim bioinformatika CSIRO dan seorang peneliti di Macquarie University.

“Secara global sekarang ada sejumlah besar urutan virus individu. Menilai jarak evolusi antara titik-titik data ini dan memvisualisasikannya membantu para peneliti mencari tahu tentang berbagai jenis virus termasuk dari mana mereka berasal dan bagaimana mereka terus berevolusi. "

181 genom SARS-CoV-2 yang diterbitkan pertama dianalisis untuk memahami bagaimana perubahan virus dapat mempengaruhi perilaku dan dampaknya.

"Virus RNA ini diharapkan berkembang menjadi sejumlah kelompok berbeda yang berbagi mutasi, yang telah kami konfirmasi dan visualisasikan," kata Profesor S.S. Vasan, pemimpin tim patogen berbahaya CSIRO dan seorang peneliti di University of York.

“Pada saat ini, kami tidak berharap itu akan mempengaruhi pengembangan dan evaluasi vaksin COVID-19, terapi dan diagnosa, tetapi informasi penting untuk dipantau ketika studi praklinis dan klinis maju.”

Memahami urutan genom membantu para peneliti memilih strain yang tepat dari virus SARS-CoV-2 untuk upaya vaksin dan diagnostik. Kredit gambar: CSIRO.

"Untuk mengaktifkan ini, kami menyerukan kepada komunitas penelitian internasional untuk berbagi rincian yang tidak diidentifikasi dari keparahan kasus dan hasil, dan meta data lain yang relevan seperti komorbiditas dan status merokok, disamping urutan genomik virus."

Studi ini menunjukkan pentingnya kolaborasi silang antara disiplin bioinformatika, genomik, vaksininologi, dan virologi yang mapan dan muncul.

“Mengikuti proses ilmiah publikasi terbuka yang ditinjau oleh rekan sejawat seperti ini adalah komponen yang sangat kritis dari tanggapan CSIRO,” kata Dr. David Hansen, CEO Pusat Penelitian Kesehatan Australia CSIRO. Makalah tim diterbitkan dalam jurnal Transboundary and Emerging Diseases.

Denis C. Bauer et al. Mendukung respons pandemi menggunakan genomik dan bioinformatika: sebuah studi kasus tentang wabah SARS-CoV-2 yang muncul. Transboundary and Emerging 
Diseases.